一位来自太平洋西北部的愤怒而发狂的母亲，在俄勒冈和墨西哥乡村地区（在那儿霍乱正夺去大批无辜儿童的生命）搜寻自己患有严重哮喘病的7岁儿子，她的儿子在一场财产争夺战中被她的前夫诱拐，但时间已经不多了，她却

2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。里奥纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普利尔·奥尼尔成功接头，并和忍者神龟们汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。