不明国籍的少女柠檬突然出现在小新面前，给他带来了偶像动感超人的讯息：“新之助君，从今天起你就是实战间谍了和我一起为正义而战吧！”喜出望外的小新开始在柠檬的指导下进行特训，两人组成了间谍搭档，飞速成长。