故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的猪名寺 乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。

一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼，一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过

繁华大都会纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，她惊讶地发现四

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 饰）和米开朗基罗（诺尔·费

吴大师训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金武器，以维护世界和平。魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并统治世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途，一路战斗，但最终魔王加

身怀绝技、武功高强的凯西·伯曼（斯科特·阿金斯饰）即将和他最爱的女子奈美子（肘井美佳饰）步入婚姻殿堂，并迎来属于他们的爱情结晶某晚，凯西外出购物，而独自在家的奈美子却被入侵者残忍杀害。压抑不住心底的愤

才能出众的科学家史崔贝博士研究出一种新型杀伤力极强的瓦斯剂，却因此而遭到生性残暴的不法之徒葛洛克之威迫，并且绑架史崔贝之心爱的女儿丽莎，威胁史崔贝将该危险武器研发成功。乔凯斯这位黑带三段的功夫高手，为

刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱，二人在公园闲聊之际，神秘的斑突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门和玖辛奈也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开……本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。

由於身懷特殊能力，一個名叫宮的女孩被僱傭兵追殺。在逃跑的路上，她碰巧遇到出生在忍者世家中的石動律花。這些忍者一直隱居在僻靜之地，石動律花和她的祖父兵衛，也就是忍者家族的首領，決定為宮提供庇護，但親眼看

本片讲述了四只忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，并联手对抗最强敌人的故事。