宋慈（何冰 饰）参加京试中了进士，预备返家完婚后随同科好友孟良臣（吴军 饰）赴边城。岂知，直至完婚那日，宋慈父亲宋巩依旧未归家。两位新人正拜堂之际，一辆马车却载回了父亲的遗体，宋巩一生从事刑狱审戡，从

南宋年间，通古县前任县令为了一己私利，利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童，百姓惶惶不安，在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古，向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈，并保证一定会查出事情真相，他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下，其党羽对宋慈阳奉阴违，并暗中施以压迫，企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时，孩童还在不断失踪，这使得老百姓对宋慈失去了信任，逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力，抽丝剥茧地调查，利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话

宋朝年间，宋慈来到长汀县任职，并专心研究验尸之法只为写一本书《洗冤集录》。突然一天夜晚，同时有一男一女两人丧命，震惊全县。宋慈得知后立刻介入调查，调查验尸过后，宋慈发现事有蹊跷，这并不是简单的杀人案，束手无策之际，宋慈想到了三年都不敢见的女人丹青，可以说长汀县没有丹青不知道的事。于是宋慈来到丹青处，寻问近期两桩命案的相关事宜，并请求丹青一同查案。经过一系列的分析推理探访之后，终于真相大白。

影片讲述了一夜之间二十七具尸体被悬挂当街，且都被抽去了骨头，死相诡谲。向来不信邪的宋慈以一种追求极致真相的态度与女助手雨墨深入调查。通过对死者关系网的盘查，宋慈发现这与十年前的波旬教案有关，他向恩师耿

西夏王有一宝衣“碧落”，相传“碧落”可以助凡人飞升成仙，宋帝大寿，西夏以贺礼敬献，承运使梁王心起贪念，穿起宝衣，却不想在众目睽睽之下被宝衣沟去魂魄，死于铁棺之中。宋帝大怒，命宋慈查询真相，到底是西夏有

于府公子惨死，于府之人一夜之间全都变成草人。宋慈奉命调查，发现案情盘根错节，中途也接连遭到草人袭击。朝廷派丁广利协助宋慈，却使得案情更加扑朔迷离，但也让宋慈发现草人案是一场巨大的阴谋。

兵城市发生一起谋杀案，被害人家属宣颖认尸时异常的举止，引起分局刑警队警员宋慈注意，但因为缺少关键证据，刑警队长裘冰坚持疑罪从无，宋慈却相信，有时直觉可以提供破案的方向。模拟案发现场、扮演犯罪嫌疑人……

南宋都城临安府内突发命案，民众纷纷传言是夜游神所为。京城临安府府尹夏侯言请宋慈前来相助。宋慈发现死者口中有迷药的气味，推断出凶手就是死者府上的厨子。当宋慈和仵作古雪乔调查厨子之时，又一起命案发生，死者是主持礼法祭祀的礼部侍郎。凶手作案的手法与第一起命案一样，并且在案发现场都有一支黑羽。通过综合两名遇害者的行踪记录，宋慈发现二人同时出现在过一个地方——玉栏仙苑。宋慈和古雪乔赶到玉栏仙苑，并找到了曾经接待两名遇害者之人——外域女子伊娜。宋慈判断夜游神一定与外域有关，而一切指向就是明日的明堂大礼。大礼之日，御史

法医宋慈上任通古县县令，然上任当天便遇到前来盗取绝命诗案卷宗之人，三年前的一场冤案就此浮出水面，召文阁内数名书生又因绝命诗接连惨死，一时间“绝命诗索命”谣言四起，这一切到底隐藏着何种阴谋，真相终将浮出

该剧讲述以宋慈为首的六位少年因机缘巧合相聚在一起，携手破获多起神秘诡谲的疑案，意外卷入南宋朝堂主战派和主和派斗争，逐渐从懵懂的少年成长为真正心怀家国大义之人的故事。