北高加索地区，恐怖分子头领巴兹加耶夫命令他的军队去筹集资金，以购买可以替代的对空攻击系统；莫斯科，拉维尔将军联合叶戈尔少校设立了一个特别行动组，目的是追踪巴兹加耶夫的藏匿地点并铲除他。就在拉维尔一行前往北高加索的同时，巴兹加耶夫在格鲁吉亚追踪到了一批老式导弹并命令手下伊沙运送出境。在追踪到钱款流向后，行动组员拷问巴兹加耶夫的保镖，得知了他的位置，代号为“清算计划”的行动即将启动，谋划数次恐怖袭击的巴兹加耶夫将为自己的行为付出代价。

H国黑日组织为了暗杀要剿灭恐怖势力的总统候选人阿巴斯部长，趁他在中国出访，派杀手刺身行刺。神鹰反恐特战队接到命令迅速出动，布下天罗地网抓捕刺身打击越境恐怖分子，最终促成两国反恐协议...

杨灿（朱雨辰饰）的父亲去世之前唯一的愿望就是能够看见儿子加入特战队，杨灿以自己的行动完成了父亲的遗愿。在特战队中，杨灿遇见了名为那敏（王力可饰）的女教官，两人唇枪舌战，相持不下。之后，杨灿结识了毛晓波